巧克力卵巢囊腫是不能夠自愈的。如果患者不及時(shí)進(jìn)行治療,等待疾病自愈,可能就會(huì)使患者出現(xiàn)月經(jīng)失調(diào)、不孕等并發(fā)癥,從而危及到患者的身體健康,因此患有巧克力卵巢囊腫的患者一定要及時(shí)前往醫(yī)院進(jìn)行治療,不要等待疾病自愈。對(duì)于病情比較輕微的患者來(lái)說(shuō),可以服用非甾體抗炎藥或激素類(lèi)藥物進(jìn)行治療,對(duì)于病情比較重的患者,可以采取相關(guān)的手術(shù)進(jìn)行治療。